更换发动机不备案的后果有：

1、汽车发动机编号未经管理部门批准，私自更改，有可能被追究责任；

2、汽车发动机更换不办理变更会影响年检，因此汽车发动机更换时，必须到车管所登记；

3、如果更换的发动机没有进行相关备案，发生了交通事故，甚至连索赔资格都是没有的。